治疗尿路感染的常用药物有磺胺类（复方新诺明等）、β-内酰胺类（青霉素类）、头孢菌素类、氨基糖苷类（如庆大霉素、阿米卡星、妥布霉素等）以及喹诺酮类（诺氟沙星、氧氟沙星）。
选择抗菌药时应考虑以下问题：
选用对致病菌敏感的药物一般在无尿培养结果和药敏试验结果时，宜选用对革兰阴性杆菌有效的抗生素，因尿路感染大多数由大肠杆菌等革兰阴性杆菌引起，尤其是首发尿路感染，多数可以治愈。如治疗3天，症状无改善，则应按药敏试验结果来选药。
根据病变部位选择抗菌药物下尿路感染为尿路的浅层黏膜病变，要求在尿中有高浓度的抗菌药物，如呋喃类药物、庆大霉素等。上尿路感染为肾实质深部感染，因此要求抗菌药物在尿内和血中均有较高的浓度。而对于肾盂肾炎来说，最好能选用杀菌剂，迅速灭菌，从而避免肾实质的永久损害。
选用对肾损害小、不良反应也小的抗菌药物抗菌药物多由肾脏排泄，故在治疗尿路感染时，应尽可能选用对肾损害小、不良反应也小的抗菌药物。慢性肾盂肾炎病人或多或少有肾功能不全，这样抗菌药物排泄减少，在体内易蓄积中毒，进一步损害肾功能，因此选用抗菌药物时尤其要注意。
联合用药联合用药仅限于严重的感染，一般用于：①单一药物治疗失败；②严重感染；③混合感染；④耐药菌株出现。如对大肠杆菌可选用氨基甙类与第三代头孢菌素合用。绿脓杆菌感染多用半合成广谱青霉素或第三代头孢菌素加氨基甙类抗生素治疗。
确定治疗疗程:表现为尿路感染症状者，予单剂疗法或抗生素治疗3天；对有肾盂肾炎表现者，给予14天疗法。
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